آغا محمدخان قاجار از معدود پادشاهان تاریخ ایران است که در شهرهای ایرانی دستور تجاوز و قتل و غارت داد. در زیر گوشه ای از جنایات او را می خوانیم.

جنایت فجیع کرمان:

کرمان شهر کهن ایران زمین که اردشیر بابکان به آن عشق می ورزید در کشاکش جنگ خان قاجار با لطفعلی خان زند بازمانده ی دلیر و با شرافت زندیان، به او پناه داد. پس از مقاومت طولانی لطفعلی خان و مردم شهر با خیانت سست عنصران شهر سقوط کرد. خان قاجار سپس دستور قتل، تجاوز، غارت، به بردگی کرفتن دختران و پسران و کور کردن مردم شهر را صادر کرد.عده ای، تعداد کورشده‌ها را ۲۰ هزار و بعضی دیگر۷۰ هزار نفر ذکر کرده اند. او سربازانش را آزاد گذاشت که هر بلایی می خواهند بر سر مردم درآورند. لطفعلی خان نیز که به بم گریخته بود توسط حاکم آنجا دستگیر و تسلیم آغامحمدخان شد. به دستور وی ابتدا لطفعلی خان را کور کرده و سپس آنقدر شکنجه دادند تا جان سپرد.

حمله به تفلیس:

گرجستان از سالهای دور اغلب یکی از ایالات ایران محسوب می شد. در اوایل حکومت آغا محمدخان حاکم گرجستان از پیروی او سر باز زد که مقدمه ی حمله ی خان قاجار به گرجستان شد.با وجود مقاومت گرجی‌ها، آقا محمد خان در این نبرد پیروز میدان شد و آراگلی خان به تفلیس فرار کرد و آقا محمد خان قاجار برای یافتن او به تفلیس لشکر کشید . حاکم آنجا همراه خانواده و بستگانش از تفلیس فرار کردند و به گرجستان غربی گریختن و آقا محمد خان تفلیس را فتح نمود. به دستور آغا محمد خان قاجار عده زیادی از روحانیون را در رود کورا غرق کردند و پنج هزار نفر از گرجیها را اسیر و شهر را ویران نمودند .

به بردگی گرفتن دختران و پسران ایرانی:

از اقدامات وی به بردگی گرفتن دختران و پسران ایرانی برای فروش به ثروتمندان برای بهره کشی جنسی بود. گفتنی است او در یکی از جنگ ها بیش از پانزده هزار هموطن آزاده را به بردگی گرفت و فروخت.

قتل فجیع شاهرخ برای بدست آوردن گنج نادر:

گفتنی است هنگامی که خراسان را فتح کرد شاهرخ پسر نادر را که کور بود تحت شکنجه های مخوف قرار داد. از آنجا که شاهرخ مکان گنج را به خان سفاک قاجار نمیگفت آقا محمد خان دستور داد حلقه ای از خمیر بر سر او گذاشته و سرب گداخته در آن ریزند تا یاقوت را نشان دهد  سرانجام گنج را به دست آورد و آنرا درون سفره ای ریخت و در میان آن قلتان شد.